കൊടുങ്ങല്ലൂരിന്റെ പദ്രുവാദോ ഭരണത്തിനെതിരെ മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികൾ നടത്തിയ പ്രക്ഷോഭമായിരുന്നു 1653-ലെ കൂനൻ കുരിശു സത്യം. കൂനൻ കുരിശു സത്യത്തിനുശേഷം മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളുടെ കൊടുങ്ങല്ലൂർ അതിരൂപത മെത്രാപ്പോലീത്തായില്ലാതെ 42 വർഷം പിന്നിട്ടു. ഫ്രാൻസിസ് ഗാർസ്യ 1659-ൽ നിര്യാതനായി. കൊടുങ്ങല്ലൂരിൽ മെത്രാപ്പോലീത്ത ഇല്ലാതെ വന്നപ്പോൾ വരാപ്പുഴ കേന്ദ്രമാക്കി പ്രൊപ്പഗാന്ത ഫീദേ മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളെ ഭരിച്ചു. 1663-ൽ ജോസഫ് മരിയ സെബസ്ത്യാനി എന്ന കർമ്മലീത്ത വൈദികൻ റോമിൽ നിന്നും മെത്രാനായി എത്തി. മലബാർ സഭയുടെ വികാരി അപ്പസ്‌തോലിക്ക എന്ന പദവിയിൽ ഭരണം ആരംഭിച്ചു. 1663-ൽ ഡച്ചുകാരുടെ ആക്രമണം മൂലം വിദേശിയായ സെബസ്ത്യാനിക്ക് മലബാർ ഉപേക്ഷിക്കേണ്ടിവന്നു. തദവസരത്തിൽ അദ്ദേഹം പറമ്പിൽ ചാണ്ടി എന്ന വൈദികനെ മെത്രാനായി അഭിഷേകം ചെയ്തു. 1663 ഫെബ്രുവരി ഒന്നാം തീയതിയായിരുന്നു മെത്രാഭിഷേകം. ഇദ്ദേഹമാണ് മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളുടെ ആദ്യത്തെ നാട്ടുമെത്രാൻ. പറമ്പിൽ ചാണ്ടി 1663 മുതൽ 1687 വരെ മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളുടെ ഭരണകർത്താവായിരുന്നു. 1678-ൽ മാർ പറമ്പിൽ ചാണ്ടിയുടെ സഹായമെത്രാനായി റഫായേൽ ഫിഗ്വരേദോ എന്നയാൾ നിയമിതനായി. 1695 വരെ റഫായേൽ ഫിഗ്വരേദോ മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണി സഭയെ നയിച്ചു. റഫായേൽ ഫിഗ്വരേദോയ്ക്കുശേഷം ആഞ്ചലോ ഫ്രാൻസിസ് ഒ.സി.ഡി (1701-1712), ജോൺ ബാപ്റ്റിസ്റ്റ് മുൾത്തേദി (1718-1750), ഫ്‌ളോറൻസ് ഓഫ് ജീസസ് (1750-1773) എന്നിവരും വരാപ്പുഴ കേന്ദ്രമാക്കി പ്രൊപ്പഗാന്തയുടെ പ്രതിനിധികളായി മലബാർ സഭയെ നയിച്ചു. ഫ്രാൻസിസ് ഡി സാലസ് (1775-1781), അലോഷ്യസ് മേരി (1785-1802) എന്നിവരും പ്രൊപ്പഗാന്ത അയച്ച വരാപ്പുഴയുടെ വികാരി അപ്പസ്‌തോലി ക്കാമാരായിരുന്നു.
18-ാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനം വരാപ്പുഴയെ ഭരിച്ചിരുന്നത് അലോഷ്യസ് മേരി
എന്ന കർമ്മലീത്താ മെത്രാനായിരുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ പിൻഗാമിയായി റൈമണ്ട് ഓഫ് ജോസഫ് (1808-1816) എന്ന കർമ്മലീത്ത മെത്രാപ്പോലീത്ത ഭരണം നടത്തി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ കാലത്ത് വരാപ്പുഴയിൽ 66 സുറിയാനി പള്ളികളും 18 ലത്തീൻ പള്ളികളും ഉണ്ടായിരുന്നു.
റൈമണ്ടിന്റെ പിൻഗാമിയായി ഫ്രാൻസിസ് സേവ്യർ എന്ന വൈദികനെ നിയമിച്ചെങ്കിലും അദ്ദേഹം ആ സ്ഥാനം സ്വീകരിച്ചില്ല. 1818-ൽ റോമാ പീറ്റർ അൽക്കാന്തറയെ ബോംബെയുടെ മെത്രാപ്പോലീത്തയായും വരാപ്പുഴയുടെ അഡ്മിനിസ്‌ട്രേറ്ററായും നിയമിച്ചു. അദ്ദേഹം 1819 മുതൽ 1821 വരെ വരാപ്പുഴയിൽ ഭരണം നടത്തി. 1821-ൽ മിലെസ് പ്രെൻഡർഗാസ്റ്റിനെ വരാപ്പുഴയുടെ ഭരണകർത്താവായി നിയമിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ നിയമ കാർക്കശ്യവും ശിക്ഷാപരിപാടികളും ഭരണീയരുടെയിടയിൽ അസ്വസ്ഥതയുളവാക്കി. സഹമിഷനറിമാർക്കും അപ്രീതിയുണ്ടായി. അവർ മെത്രനെതിരായി പല ആരോ
പണങ്ങളുമുന്നയിച്ചുകൊണ്ട് പ്രൊപ്പഗാന്തയ്ക്ക് ഹർജികളയച്ചു. തൽഫലമായി പ്രൊപ്പഗാന്ത അദ്ദേഹത്തെ 1827-ൽ തിരികെ വിളിച്ചു. 1825-ൽ ലെയോ പന്ത്രാണ്ടാമൻ മാർപ്പാപ്പാ മൗറീലിയസ് സ്റ്റബിലീനിയെ വരാപ്പുഴ വികാരി അപ്പസ്‌തോലിക്കയായി നിയമിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഭരണകാലത്ത് പല പ്രശ്‌നങ്ങളുമുണ്ടായി. സ്റ്റബിലീനിയെ പ്രൊപ്പഗാന്ത സ്ഥലം മാറ്റി; പകരം ഫ്രാൻസിസ് സേവ്യറിനെ വികാരി അപ്പസ്‌തോലിക്കയായി നിയമിച്ചു. ഫ്രാൻസിസ് സേവ്യർ 1832 ജനുവരി 6-ാം തീയതി ഭരണം ഏറ്റെടുത്തു. അന്ന് ഏകദേശം 41000 ലത്തീൻ ക്രിസ്ത്യാനികൾക്ക് 24 വൈദികരേ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളു. അദ്ദേഹമാണ് പോരൂക്കര തോമ്മാ, ചാവറ കുര്യാക്കോസ് വൈദികർക്ക് മല്പാൻ സ്ഥാനം നല്കിയത്. 1838-ൽ പദ്രുവാദോ അധികാരം നിറുത്തിയപ്പോൾ കൊടുങ്ങല്ലൂർ, കൊച്ചി രൂപതകൾ വരാപ്പുഴ രൂപതയുടെ കീഴിലായി. 1844-ൽ ഫ്രാൻസിസ് മെത്രാൻ നിര്യാതനായി. 1845-ൽ ലുദ്‌വിക്കോസ് വികാരി അപ്പസ്‌തോലിക്കയായി. വരാപ്പുഴ വികാരിയാത്തിന്റെ വിസ്തീർണ്ണം വളരെ വിപുലമായതുകൊണ്ട് ഭരണസൗകര്യത്തിനായി വികാരിയാത്ത് 1845 നവംബർ 17-ന് വരാപ്പുഴ, മംഗലാപുരം, കൊല്ലം എന്നിങ്ങനെ മൂന്നായി വിഭജിച്ചു. മംഗലാപുരത്തിന്റെ ഭരണാധിപനായി ബർണർദീനോസ് ആഗ്നസ്സും കൊല്ലത്തിന്റേത് ബർണർദീനോസ് ത്രെസ്യായും നിയമിതരായി. ലുദ്‌വിക്കോസ് ആരോപണ വിധേയനായതിനാൽ തിരികെ വിളിക്കപ്പെട്ടു. 1852 ജനുവരി 6-ന് അദ്ദേഹം റോമിലേക്കു പോയി. ലുദ്‌വിക്കോസ് റോമിന് തിരിച്ചുപോയപ്പോൾ വരാപ്പുഴ വികാരിയാത്തിന്റെ ഭരണം കൊല്ലം വികാരി അപ്പസ്‌തോലിക്കാ ബർണർദീനോസ് ത്രെസ്യായെ ഏല്പിച്ചു. 1868 വരെ വരാപ്പുഴയുടെ വികാരി അപ്പസ്‌തോലിക്കയായി അദ്ദേഹം സേവനം ചെയ്തു. കേരളസഭയിൽ ലത്തീൻ ഭരണത്തിനെതിരെ കോളിളക്കം സൃഷ്ടിച്ച മാർ റോക്കോസ് മെത്രാന്റെ വരവ് ഈ അവസരത്തിലായിരുന്നു. ചാവറയച്ചന്റെ സേവനം റോക്കോസിനെതിരെ ഇദ്ദേഹം ഉപയോഗപ്പെടുത്തി.
ബർണർദീനോസിന്റെ പിൻഗാമിയായി വന്നത് ലെയോണാർദ് മെല്ലാനോ എന്ന കർമ്മലീത്ത മെത്രാനായിരുന്നു. 1874-ൽ ഇദ്ദേഹം മഞ്ഞുമ്മെൽ ആശ്രമം സ്ഥാപിച്ചു. 1877-ൽ മർസെലിനോസ് എന്ന മെത്രാനെ സുറിയാനിക്കാർക്കുവേണ്ടി മാത്രമുള്ള മെത്രാനായി നിയമിച്ചതോടെ സുറിയാനിക്കാരുടെ മേലുള്ള മെല്ലാനോയുടെ അധികാരം നഷ്ടപ്പെട്ടു. ഇന്ന് സീറോ മലബാർ സഭയിൽ നിലവിലിരിക്കുന്ന പല പാശ്ചാത്യ ഭക്താഭ്യാസങ്ങളുടെയും പ്രചാരകൻ ലെയണാർദോ മെല്ലാനോ ആയിരുന്നു. നാല്പതുമണി ആരാധന, വാഴ്‌വ്, പരി. കൂർബാനയുടെ പ്രദക്ഷിണം തുടങ്ങിയവ ഉദാഹരണങ്ങളാണ്. 1886 സെപ്റ്റംബർ ഒന്നിന് ലത്തീൻ ഹയരാർക്കി സ്ഥാപിതമായി. വരാപ്പുഴ അതിരൂപതയായി ഉയർത്തപ്പെട്ടു. മെല്ലാനോ വരാപ്പുഴയുടെ ആദ്യത്തെ മെത്രാപ്പോലീത്തയായി. അന്നേദിവസം മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളുടെ കൊടുങ്ങല്ലൂർ അതിരൂപത നിർത്തലാക്കി. കൊടുങ്ങല്ലൂരിന്റെ കീഴിലുണ്ടായിരുന്ന മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളെ വരാപ്പുഴ എന്ന ലത്തീൻ അതിരൂപതയുടെ ഭാഗമാക്കി. 1887 മെയ് 20-ന് മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികൾക്കായി കോട്ടയം, തൃശൂർ എന്ന രണ്ട് വികാരിയാത്തുകൾ വരുന്നതുവരെ ഈ നില തുടർന്നു.
