പാറേമ്മാക്കൽ തോമാ കത്തനാരെ മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളുടെ മെത്രാനായി വാഴിക്കണമെന്ന് നസ്രാണികൾ ഒന്നടങ്കം പോർട്ടുഗൽ രാജ്ഞിയോട് അപേക്ഷിച്ചു. എന്നാൽ രാജ്ഞി ഗോവർണ്ണദോരച്ചനെ മെത്രാപ്പോലീത്തയായി നിയമിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ, പൗരസ്ത്യ കാത്തോലിക്കാ പാത്രിയാർക്കീസിന്റെ സഹായം തേടി ഗോവർണ്ണദോരച്ചനെ മെത്രാപ്പോലീത്തയായി വാഴിക്കണമെന്നും അവർ തീരുമാനിച്ചുറപ്പിച്ചു. ഇക്കാര്യം സാധിക്കുന്നതിനായി എതു രീതിയിലുള്ള നിരോധനങ്ങൾ എവിടെനിന്നെല്ലാം ഉണ്ടായാലും അവ പരിഗണിക്കരുതെന്നും ഈ അഭിപ്രായങ്ങളോട് സഹകരിക്കാത്തവരെ പള്ളിയോഗങ്ങളിൽ നിന്നും പുറത്താക്കണമെന്നും അവരോട് യാതൊരുവിധ സമ്പർക്കവും പുലർത്താൻ പാടില്ലെന്നുമായിരുന്നു അവരുടെ തീരുമാനം. തദ്ദേശീയ മെത്രാനിലൂടെ പൗരസ്ത്യ സുറിയാനി സഭാ വ്യക്തിത്വം വീണ്ടെടുക്കാനുള്ള ധീരമായ നടപടിയായിരുന്നു അത്.
എന്നാൽ ഗോവർണ്ണദോരെയും അങ്കമാലി യോഗത്തെയും പറ്റി പല തെറ്റായ അഭിപ്രായങ്ങളും മിഷനറിമാർ റോമിലറിയിച്ചു. തൽഫലമായി 1790 ഒക്‌ടോബർ 6-ന് കർദ്ദിനാൾ അന്തോനെല്ലി വരാപ്പുഴ വികാരി അപ്പസ്‌തോലിക്കായ്ക്ക് അയച്ച എഴുത്തിൽ പാറേമ്മാക്കലച്ചൻ മെത്രാനായി അഭിഷേകം ചെയ്യപ്പെടില്ലെന്ന് ലിസ്ബണിലെ രാജകച്ചേരിയിൽ നിന്നും തനിക്ക് ഉറപ്പ് ലഭിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് പ്രസ്താവിച്ചിരിക്കുന്നു. അങ്ങനെ നാട്ടുമെത്രാനെ ലഭിക്കുന്നതിനുള്ള സുറിയാനിക്കാരുടെ അങ്കമാലി യോഗത്തിനു ശേഷമുള്ള പ്രയത്‌നങ്ങളും മിഷനറിമാരുടെ എതിർപ്പുമൂലം പരാജയമടഞ്ഞു.
അതുപോലെ 1787 ഫെബ്രുവരി 2-ാം തീയതി അങ്കമാലി പള്ളിയിൽ വച്ചു ഭരണസംബന്ധമായ കാര്യങ്ങളെക്കുറിച്ച് നടന്ന ചർച്ചയിൽ രണ്ടുകാര്യങ്ങൾ തീരുമാനിക്കപ്പെട്ടു: 1. പുരാതനമായ ആർച്ചുഡീക്കൻ സ്ഥാനം പുനഃസ്ഥാപിക്കുക 2. അധികാര വികേന്ദ്രീകരണത്തിലൂടെ ഭരണം കൂടുതൽ കാര്യക്ഷമമവും ശ്രേയസ്‌കരവുമാക്കുന്നതിന് പന്ത്രണ്ടുപേരടങ്ങുന്ന ഒരു ആലോചനാസംഘം രൂപീകരിക്കുക. അതിനായി പന്ത്രണ്ടു പേർ തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു.
ഇവർ ചെയ്യേണ്ട കാര്യങ്ങളെപ്പറ്റിയും ആ അവസരത്തിൽ നിശ്ചയിച്ചു. ഇവർ 12 പേരും സംഘമായി സഭയുടെ വളർച്ചയ്ക്കുവേണ്ടി പ്രവർത്തിക്കണമെന്ന് തീരുമാനിച്ചു. ഇവരിൽ ഒരാൾ മരിച്ചുപോയാൽ ബാക്കി 11 പേരും കൂടി പകരം ഒരാളെ തിരഞ്ഞെടുക്കണം. മരിച്ചുപോകുന്ന ആളിന്റെ വസ്തുക്കളുടെമേൽ 12 പേരുടെ സമൂഹത്തിനല്ലാതെ വീട്ടുകാർക്ക് അവകാശമില്ല.
മെത്രാന്റെയും ആർച്ചുഡീക്കന്റെയും ഭരണത്തിനുവേണ്ട സാമ്പത്തികസംവിധാനത്തിന് രൂപം കൊടുത്തു. റോമിൽ പഠിച്ചശേഷം ഞാറയ്ക്കൽ ഇടവക മാളിയേക്കൽ ശങ്കുരി ഗീവർഗ്ഗീസും പുത്തനങ്ങാടയിൽ പൗലോസും 1787-ൽ മടങ്ങയെത്തി. അവരിൽ ശങ്കുരി കത്തനാരെ പൂക്കോട്ട സെമിനാരിയിലും പൗലോസ് കത്തനാരെ അങ്കമാലി സെമിനാരിയിലും തോമ്മാ ഗോവർണ്ണദോർ നിയമിച്ചു.
1790 ഏപ്രിൽ മാസത്തിൽ ടിപ്പു നെടുങ്കോട്ട ഭേദിച്ച് തിരുവിതാംകൂറിന്റെ ഉള്ളിലേയ്ക്ക് കടന്നു. ഏകദേശം 24 പള്ളികളോളം
കേടുവരുത്തുകയോ നശിപ്പിക്കുകയോ ചെയ്തു. ടിപ്പു പിന്തിരിഞ്ഞതിനുശേഷം തോമാ കത്തനാർ ഈ പള്ളികളെല്ലാം പുതുക്കി പണിതു. ടിപ്പുവിന്റെ ആക്രമണത്തിൽ നിന്നും രക്ഷപ്പെടുവാൻ അനേകർ വടക്കുനിന്നും തെക്കൻ ഭാഗങ്ങളിലേയ്ക്കു പലായനം ചെയ്തു. ഈ ആക്രമണഫലമായി ക്രിസ്ത്യാനികളുടെ കേന്ദ്രമായിരുന്ന കൊടുങ്ങല്ലൂർ, ആലങ്ങാട് തുടങ്ങിയ സ്ഥലങ്ങളിൽ ക്രിസ്ത്യാനികളുടെ സംഖ്യ വളരെ കുറഞ്ഞു. ടിപ്പുവിന്റെ പടയോട്ടക്കാലത്ത് അങ്കമാലിയിലുള്ള താമസം സുരക്ഷിതമല്ലാതിരുന്നതിനാൽ തോമാ കത്തനാർ തന്റെ ആസ്ഥാനം അങ്കമാലിയിൽ നിന്നും വടയാറ്റ് പള്ളിയിലേയ്ക്കു മാറ്റി. തച്ചിൽ മാത്തു തരകൻ എന്ന അല്മായ പ്രമുഖനാണ് ഇതിന് തോമാ കത്തനാരെ സഹായിച്ചത്. ടിപ്പു സുൽത്താൻ തച്ചുടച്ച ദൈവാലയങ്ങളെല്ലാം ഗോവർണ്ണദോർ പുനഃസ്ഥാപിച്ചു. പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിൽ കേരളത്തിലുണ്ടായിരുന്ന പൗളിനോസ് പാതിരിയുടെ കണക്കനുസരിച്ച് തോമാ കത്തനാർ ഭരണഭാരമേല്ക്കുമ്പോൾ കൊടുങ്ങല്ലൂർ രൂപതയുടെ കീഴിൽ 84 സുറിയാനി പള്ളികളും 16 ലത്തീൻ പള്ളികളും ഏകദേശം 300 വൈദികരുമുണ്ടായിരുന്നു. വരാപ്പുഴയുടെ കീഴിലാകട്ടെ 64 സുറിയാനി പള്ളികളും 24 ലത്തീൻ പള്ളികളും 34 ലത്തീൻ വൈദികരും 120 സുറിയാനി വൈദികരും ഉണ്ടായിരുന്നു.
കേരളസഭയുടെ മുടിചൂടാ മന്നനായിരുന്ന തോമാ കത്തനാരുടെ ജീവിതസായാഹ്നം ദുഃഖതപ്തമായിരുന്നു. ഒരു നാട്ടുമെത്രാനെ പിൻഗാമിയായി കിട്ടിയില്ലെന്ന ദുഃഖം അദ്ദേഹത്തിനുണ്ടായിരുന്നു. വാതരോഗം അദ്ദേഹത്തിന്റെ കായശേഷി തളർത്തി. രോഗം മൂർച്ഛിച്ചപ്പോൾ മാതൃ ഇടവകയായ രാമപുരത്തേയ്ക്ക് താമസം മാറ്റി. 13 വർഷം കേരള സഭയെ ധീരമായി നയിക്കുകയും സഭയുടെ താരമായി വിരാജിക്കുകയും ചെയ്ത പാറേമ്മാക്കൽ തോമാ കത്തനാർ 1799 മാർച്ച് 20-ന് ദിവംഗതനായി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ പൂജ്യ ദേഹം രാമപുരം സെന്റ് അഗസ്റ്റ്യൻസ് ദൈവാലയ മദ്ബഹായിൽ സംസ്‌ക്കരിച്ചു. 1936 മാർച്ച് 26-ാം തീയതി കേരളത്തിലുള്ള എല്ലാ സീറോ മലബാർ മെത്രാന്മാരുടെയും സാന്നിദ്ധ്യത്തിൽ എറണാകുളം മെത്രാപ്പോലീത്ത മാർ അഗസ്റ്റ്യൻ കണ്ടത്തിലിന്റെ കാർമ്മികത്വത്തിൽ തോമാ കത്തനാരുടെ ഭൗതികാവിശിഷ്ടങ്ങൾ ഒരു ചെമ്പുപേടകത്തിലാക്കി രാമപുരം പള്ളിയുടെ അൾത്താരയിലെ കവാട ഭിത്തിയിൽ ജനാഭിമുഖമായി വലതുവശത്ത് സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു. മാർത്തോമ്മാ നസ്രാണികളുടെ വിദേശികളാൽ ചവുട്ടി മെതിക്കപ്പെട്ട അഭിമാനവും ആഭിജാത്യവും വീണ്ടെടുക്കുകയും അവർക്ക് ഈ മണ്ണിൽ അഭിമാനത്തോടെ ജീവിക്കുവാനും സഭയുടെ പൈതൃകം കാത്തുസൂക്ഷിക്കാനും അത്യധികം സഹായിച്ച പണ്ഡിതവര്യനും ധീരനുമായിരുന്നു പാറേമ്മാക്കൽ തോമാ കത്തനാർ. അദ്ദേഹത്തിന്റെ സമുദായബോധവും സഭാസ്‌നേഹവും സഭൈക്യ തല്പരതയും ഭാഷാപാണ്ഡിത്യവും സംഘടനാ വൈഭവവും അനിതരസാധാരണം തന്നെയായിരുന്നു. ഈ സമുദായ നേതാവിനെ സ്മരിക്കുകയും ആദരിക്കുകയും അർഹമായ സ്മാരകങ്ങൾ ഏർപ്പെടുത്തി അദ്ദേഹത്തിന്റെ സ്മരണ വരും തലമുറയിലേയ്ക്ക് കൈമാറ്റം ചെയ്യുകയും ചെയ്യേണ്ടത് നസ്രാണി സമൂഹത്തിന്റെ കടമയും കർത്തവ്യവുമാണ്.
