റോം ഇടപെടുന്നു, വിസിറ്ററെ അയയ്ക്കുന്നു
കൂനൻ കുരിശ് സത്യത്തെ തുടർന്നുണ്ടായ സംഭവവികാസങ്ങൾ ഗാർസ്യാ
മെത്രാപ്പോലീത്ത പോർട്ടുഗീസ് രാജാവിനെയും മാർപ്പാപ്പായെയും അറിയിച്ചു. സാഹചര്യങ്ങളുടെ ഗൗരവം മനസ്സിലാക്കിയ അന്നത്തെ മാർപ്പാപ്പാ അലക്സാണ്ടർ ഏഴാമൻ, ജോസഫ് മരിയ സെബസ്ത്യാനി, വിൻസന്റ് ഹയാസിന്ത് എന്ന രണ്ടു കർമ്മലീത്ത വൈദികരെ മല
ബാറിലേക്കയച്ചു. അവരുടെ നേതൃത്വത്തിൽ ഒരന്വേഷണം നടത്താൻ തീരുമാനിച്ചു. അവർ രണ്ടുവഴിക്കാണ് മലബാറിലേയ്ക്ക് യാത്രചെയ്തത്. 1657 ഫെബ്രുവരി 22-ാം തീയതി ജോസഫ് മരിയ സെബസ്ത്യാനി ഗാർസ്യാ മെത്രാപ്പോലീത്തയുമായി ആലോചിക്കാതെ തന്നെ ആർച്ചുഡീക്കന്റെ പ്രശ്നങ്ങൾ പഠിക്കുവാൻ തുടങ്ങി. അഹത്തള്ളായെ മാർപ്പാപ്പാ അയച്ചതാണെന്ന ധാരണ തെറ്റാണെന്നും ആർച്ചുഡീക്കന്റെ നിലപാട് റോം അംഗീകരിച്ചിട്ടില്ലെന്നും മനസ്സിലാക്കിക്കൊടുക്കാനായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ ശ്രമം. ആർച്ചുഡീക്കന്റെ ഉപദേശക്കാരായിരുന്ന
പലരുടെയും പിന്തുണ സെബസ്ത്യാനിക്കു ലഭിച്ചു. അതുകൊണ്ട് പലരെയും സത്യാവസ്ഥ ബോധിപ്പിക്കുവാൻ സെബസ്ത്യാനിക്കു കഴിഞ്ഞു.
1658 ജനുവരി 7-ന് സെബസ്ത്യാനി റിപ്പോർട്ട് സമർപ്പിക്കുവാൻ റോമിലേക്കു പോയി. മലബാറിലെ സഭാ കാര്യങ്ങളിൽ ഈശോസഭക്കാർ ഇടപെടുന്നതിനെ തല്ക്കാലത്തേയ്ക്ക് നിരോധിച്ച ശേഷമാണ് സെബസ്ത്യാനി മടങ്ങിയത്. അദ്ദേഹം മടങ്ങി ഏതാനും ദിവസങ്ങൾക്കുശേഷം ആർച്ചുഡീക്കൻ നസ്രാണികളുടെ സഭാതലവനായി സ്വയം പ്രഖ്യാപിച്ചു. ഇത് അഹത്തള്ള നൽകിയ അധികാരപത്രമനുസരിച്ചാണെന്ന് അനുയായികളെ ബോദ്ധ്യപ്പെടുത്തി.
1658 മാർച്ച് 10-ന് അപ്പസ്തോലിക്ക്
കമ്മീസറിയായ ഫാ. ഹയാസിന്ത് കൊച്ചിയിലെത്തി. ആർച്ചുഡീക്കനെ സന്ദർശിച്ച് കൂടിയാലോചനകൾ നടത്തി. മാർ ത്തോമ്മാ ആർച്ചുഡീക്കന്റെ അനുയായികളിൽ പലരും തിരിച്ചുവരാൻ ആഗ്രഹിച്ചു. എന്നാൽ ഗാർസ്യാ മെത്രാപ്പോലീത്തായുടെ കീഴിലായിരിക്കുവാൻ അവർക്ക്
ആഗ്രഹമില്ലായിരുന്നു. ഗാർസ്യായാകട്ടെ എല്ലാവരും തന്റെ കീഴിൽത്തന്നെയായിരിക്കണമെന്ന് നിർബ്ബന്ധിച്ചു. 1659 ജൂലൈ 26-ന് ഫാ. ഹയാസിന്ത് ആർച്ച്ഡീക്കൻ തോമ്മായെക്കെതിരെ മഹറോൻ പ്രഖ്യാപിച്ചു. 1659 സെപ്റ്റംബർ 3-ന് ആർച്ച്ബിഷപ്പ് ഗാർസ്യാ മരണമടഞ്ഞു. ഗാർസ്യാ
യുടെ നിര്യാണത്തിനുശേഷം അദ്ദേഹത്തെ അനുകൂലിച്ചിരിന്ന പള്ളികളുമായി ഹയാസിന്ത് നല്ല ബന്ധം പുലർത്തി.
ആർച്ചുഡീക്കനെ ബലഹീനനാക്കുവാൻ ഹയാസിന്ത് നാട്ടുരാജാക്കന്മാരുടെയും കൊച്ചിയിലെ പോർട്ടുഗീസ് ക്യാപ്റ്റന്റെയും സഹായം തേടി. തൽഫലമായി തോമ്മാ ആർച്ചുഡീക്കൻ കൊച്ചി, ആലങ്ങാട്, കടുത്തുരുത്തി പ്രദേശങ്ങളിൽ നിന്നും ബഹിഷ്കൃതനായി. തുടർന്ന് അദ്ദേഹം തെക്കുംകൂർ രാജാവിന്റെ പക്കൽ അഭയം തേടി.
സ്ഥിതിഗതികൾ അപ്പാടെ തങ്ങൾക്കത്ര അനുകൂലമല്ലെന്നു മനസ്സിലാക്കിയ
ഈശോസഭക്കാർ ഫാ. മജിസ്ത്രീസ് എന്ന പ്രതിനിധിയെ റോമിലേയ്ക്കയച്ചു.
ഈശോസഭക്കാരുടെയും പോർട്ടുഗലിന്റെയും താല്പര്യങ്ങൾ സംരക്ഷിക്കുക
എന്നതായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ ലക്ഷ്യം.
എന്നാൽ അദ്ദേഹം റോമിലെത്തുന്നതിനുമുമ്പു തന്നെ അലക്സാണ്ടർ ഏഴാമൻ മാർപ്പാപ്പാ സെബസ്ത്യാനിയെ മെത്രാനാക്കി മലബാറിലേയ്ക്കയച്ചു. 1661 -ൽ സെബസ്ത്യാനി മെത്രാൻ മലബാറിലെത്തി.